I rettili hanno lo scheletro più ossificato degli anfibi. La colonna è formata da vertebre sovrapposte in 3 o 5 punti che gli permette una forte rigidità ma nello stesso tempo un’ampia mobilità.

Le vertebre lombari,toraciche e caudali hanno costole che variano di numero in base ai gruppi e il cinto scapolare\pelvico può mancare o essere minimo.

Gli arti sono formati in modo tipico e in alcuni gruppi o si trasformano in pinne o possono addirittura mancare. Le zampe sono rivolte lateralmente e danno un movimento di tipo ondulatorio mentre nei serpenti il movimento avviene tramite ondulazione.

Il cranio può variare tra le diverse specie :cranio anapside cioè senza finestre,sinapside(una sola finestra),diopside(finestra dorsale e laterale),euriapside(una sola finestra)e parapside(finestra tra post frontale e sopratemporale).

I rettili hanno un cervello molto piccolo che non riempie completamente la scatola cranica ;il cervelletto è molto piccolo in quanto il controllo muscolare è scarsamente richiesto; il midollo spinale regola equilibrio e udito e attraversa tutto il corpo fino alla coda.