IL cuore nei rettili,a differenza degli anfibi,si ha la separazione del cuore tramite un setto che divide atrio destro da quello sinistro ;nei coccodrilli il ventricolo è diviso quasi completamente mentre negli altri ordini vi è ancora una piccola miscibilità si sangue arterioso e venoso. Nell’atrio destro giungono le vene del grande circolo mentre nel sinistro quelle polmonari. Dunque il sangue più ossigenato sta nella parte sinistra del ventricolo ed è da qui che parte l’arco aortico destro che si divide dando origine alle carotidi che porta l’ossigeno al cervello.

I Polmoni derivano da un diverticolo della parte ventrale del faringe ed è un sacco molto vascolarizzato. Per aumentare la quantità di ossigeno assunta la superficie interna dei polmoni si staccano dei setti che invadendolo creano tante piccole camere. Nei serpenti e nei rettili apodi il polmone sinistro o non c’è o è atrofizzato mentre il destro è iper sviluppato. Nelle tartarughe i polmoni sono protetti da camere ossee per evitare che le immersioni gli arrechino danni;il corpo delle tartarughe non è dilatabile e i polmoni,in stato di riposo,sono pieni di aria che viene svuotata da speciali muscoli.

Il sistema di escrezione, nei rettili,è costituito da un metanefro. Questi animali sono uricotelici in quanto l’acido urico è poco solubile e può essere eliminato anche in assenza di acqua. La produzione di urea su acido urico domina anche la vita embrionale dei cheloni marini in quanto le uova,essendo sepolte nella sabbia,assorbono diversa umidità.