Con l’uscita dall’acqua i rettili hanno modificato anche il metodo riproduttivo. Nel tuatara la fecondazione avviene tramite il contatto delle cloache non avendo un organo copulatore.

Nei coccodrilli e nelle tartarughe la stessa viene usata a mò di pene.

Gli squamati hanno 2 peni chiamati emipeni ma solo uno viene utilizzato nella copula. La sua forma varia da specie a specie:può avere creste,spine o papille. In alcuni tipi di rettili gli spermatozoi sopravvivono per diverso tempo .

Le uova sono deposte o nella sabbia o tra sassi e cortecce e la madre le abbandona lasciandole al suo destino. I coccodrilli invece curano sia le uova che successivamente i piccoli.

Alcune specie di sauri hanno una popolazione esclusivamente femminile,dalle uova nascono solo femmine e raramente qualche maschio.

In caso di femmina partenogenetica,fecondata da un maschio,i cuccioli saranno femmine però sterili.