Sia i pipistrelli stanziali che quelli migratori, hanno il problema dello speronamento; una volta giunti sul luogo prestabilito cadono per un periodo abbastanza lungo in uno stato di ibernazione. Solitamente i luoghi scelti per trascorrere questo periodo sono grotte, miniere, edifici abbandonati, buchi negli alberi.

Riescono ad entrare il letargo molto velocemente e ciò è dovuto all'alto tasso metabolico; anche il risveglio può essere molto celere e queste spiegato dal fatto che pipistrelli vivono comunque imposti poco protetti e soggetti a vari disturbi: vento, pioggia, rumore, sbalzi termici.

Il myotis sodalis infatti, durante l'inverno, si sposta più volte se disturbato. Lo stadio iniziale che precede l'ibernazione è caratterizzato da un ritmo cardiaco molto variabile che può arrivare fino al 600 pulsazioni al minuto; man mano che lo stadio avanza la frequenza cardiaca diminuisce fino ad arrivare ad un ritmo basso e costante. In questo momento le pulsazioni toccano soltanto 10 battiti al minuto. Nonostante il letargo, riescono a tenere sotto controllo la temperatura corporea e l'ambiente circostante. Capita molto spesso, nelle grotte, di vedere enormi gruppi ammassati alle pareti e si pensa che ciò avvenga perché, stando vicini, la temperatura tende a non scendere di molto.

Una cosa che per i pipistrelli è di primaria importanza, durante il letargo, è la possibilità di potersi rifornire d'acqua subito dopo il risveglio. Durante il letargo utilizzano il grasso accumulato per mantenere le funzioni vitali; i megachirotteri non cadono il letargo, spesso dormono mantenendo un metabolismo basso ma non quanto quello di un pipistrello il letargo.

Utilizzano il patagio per isolare il corpo dal freddo e la temperatura interna può variare anche di 20° in confronto a quella esterna.

Nei pipistrelli ibernanti, l'accoppiamento avviene verso la fine dell'estate e le femmine trattengono in corpo il liquido seminale durante tutto il periodo invernale per poi rimanere seconde al momento del risveglio ovvero nella primavera successiva.

Una volta feconde le femmine si recano in grossi gruppi in luoghi tranquilli dove partoriscono; solitamente nasce soltanto un piccolo nudo, cieco e inetto che possiede soltanto delle piccole unghie che utilizza per restare aggrappato alle mammelle della mamma. I pipistrelli sessualmente raggiungono la maturità intorno ai tre anni.